Imunološki zavod još je jedna žrtva tranzicije. Ovo što se desetljećima stvaralo i razvijalo postalo je žrtvom privatnih i uvoznih interesa za koje su lobirali razni političari. Gotovo da i nije bilo političara u zdravstvu, ali i šire, koji nije povezan s nekom od afera oko Imunološkog. Posljednjih dvadesetak godina stalno se traži povoljan trenutak da se Imunološki privatizira, a vrijednost se sustavno umanjuje kako bi se pogodovalo privatnom kapitalu. Osim visoko profitabilne proizvodnje, Imunološki privlači pažnju i zbog svojih nekretnina u Rockefellerovoj i Gundulićevoj ulici u Zagrebu, te gospodarskog dobra u Brezju. U doba sveopće rasprodaje narodnog bogatstva i punjenja džepova pojedinaca, krenule su i nedaće za Imunološki.
1992. na čelu Zavoda bio je Miroslav Beck koji si je menadžerskim ugovorom sredio takva primanja da je omjer između njegove i radničkih plaća bio viši od 1:20. Prvi pokušaj privatizacije spriječili su radnici. Da bi se mogao prodati, Zavodu je najprije promijenjena njegova registracija iz zdravstvene ustanove u proizvodnu organizaciju. Država je potom odobrila izdvajanje najprofitabilnijeg sektora, onog za proizvodnju cjepiva, i njegovo pretvaranje u društvo s ograničenom odgovornošću. Pravovremenim pritiskom radnici su spriječili namjere direktora da pomoću novoosnovanog društva Cjepivo d.o.o., čiji je osnivački kapital osigurao Imunološki svojim nekretninama, opremom i novcem, proda pojedine proizvodne jedinice nakon čega ga je upravni odbor smijenio. Upravni odbor, postavljen od tadašnjeg Hrvatskog fonda za privatizaciju, odabrao je novog direktor, Vlatka Silobrčića, pod čijim se vodstvom imunološki pretvorio u dioničko društvo.
Niti on nije propustio priliku da omasti brk. Prema riječima dr. Sladoljeva Zavod je u to doba uprihodio tadašnju protuvrijednost od oko 25 milijuna kuna, samo zahvaljujući prodaji JNA ogromnih količina antitetanusnog cjepiva, ali umjesto u razvojne projekte, pogone i opremu, taj je novac Silobrčić dao u privatnu štedionicu ekonomskog savjetnika Guste Santinija iako to nije smio. Zbog neulaganja u pogone i opremu 1998. izgubljen je certifikat Svjetske zdravstvene organizacije čime su mogućnosti za izvoz značajno smanjene jer je izgubljen dobar dio kupaca. Prihodi od izvoza pali su 1999. na 10%. Protiv ravnatelja su podnesene kaznene prijave zbog štete koje je napravio Društvu, a on je tužbama protiv Imunološkog dobio menadžerske plaće i za period nakon otkaza. Krajem 90-ih izrađena je studije isplativosti ulaganja u izgradnju tvornice za proizvodnju virusnih cjepiva i tvornice za preradu plazme kako bi se ponovno dobila licenca.
Do danas taj projekt nije realiziran iako su sljedeće uprave ponovno naručivale studije i plaćale konzultantima vrijednosti dovoljne da se projekt ostvari. Promjenom vlasti 2000. politika je postavila novu ravnateljicu i nove ljude u upravu. Tako se u nadzornom odboru našao i donedavni ministar zdravstva, Rajko Ostojić, koji je iz tog tijela izbacio predstavnicu radnika koja je ukazivala na kriminal. Politika SDP-a je bila privatizacija pod svaku cijenu, a za to su plaćali iz kase Imunološkog strane konzultante milijunskim ciframa dok je Zavodu bilo neophodno ulaganje u proizvodnju kako bi se oporavio od kriminala iz 90-ih. Radnici su upozoravali o namjeri prodaje većinskog paketa dionica nepoznatom strateškom partneru i suludoj prodaji Zavoda u bescjenje bez međunarodne licence za prodaju cjepiva i bez upisanog vlasništva nad nekretninama. Tadašnja ravnateljica Sabina Rabatić oštetila je Imunološki sklapanjem velikog posla s bjelovarskom Česmom d.o.o. koji je naposljetku poništen, a novci su za Zavod izgubljeni.
Zbog svega toga Zavod je 2004. bio u velikim problemima i trebao je završiti u stečaju. Opet se od radnika očekivalo da oni izvade firmu iz problema odricanjem od svoje plaće, a kreditom se pokušao prekriti kriminal. Od svih ti novaca imali su koristi svi osim radnika Imunološkog. U razdoblju između 2004 i 2010 kad je na čelu Zavoda bila Tatjana Sindik Milošević, strina Domagoja Miloševića, HDZ-ovog ministra, dogodile su mnogobrojne afere. Od velikog posla iz 2006. s cjepivom protiv gripe kojim se trebao Zavod srediti nije bilo ništa. Uvezlo se više cjepiva nego što je prodano, sve kako bi privatnik mogao dobiti više provizije, a koje se potom uništavalo čime je izgubljeno 13 milijuna kuna.
Pritom se moralo uložiti i u infrastrukturu za uništavanje tolikih viškova čime je sveukupno stvoren gubitak od 18 milijuna kuna. Iako je Zavod imao sva ovlaštenja za uvoz i prodaju cjepiva, posrednička provizija se plaćala Pharmagentu i to čak dva puta. Uprava je tako za gotova cjepiva plaćala tvrtki Tomislava Škalamera prvi put kod uvoza, a drugi put pri stavljanju cjepiva u promet. Isplaćeno mu je 8 milijuna kuna! Za poslove savjetovanja koji su se svodili na prijedloge za otpuštanje radnika u 4 godine potrošeno je pak preko 40 milijuna kuna. Na kraju mandata dotične pogodovalo se švicarskoj firmi Novartis koja je uvozila preko Zavoda cjepivo protiv svinjske gripe za Hrvatsku i još dvije zemlje. Potpisani kriminalni ugovor u vrijednosti 197,1 milijuna kuna bio je na štetu Zavoda i ništa nije rađeno kako bi se Zavod zaštitio. Kada je epidemija prošla prema dobavljaču ostale su obaveze od 144,7 milijuna kuna.
Sljedeći HDZ-ov kadar koji je naslijedio koruptivnu direktoricu bio je Darko Dvornik, bivši političar, otprije poznat po korupciji u HEP-u koji s farmacijom nema nikakve veze. Svoj kratkoročni mandat dobro je naplatio tako što je krivo prikazivao poslovanje Zavoda kako bi si mogao isplatiti enormne bonuse dok su radnicima kasnile plaće. Za to vrijeme provedeno je restrukturiranje čime se počelo ozbiljno pripremati Imunološki za privatizaciju. Otpušteno je više od 100 radnika.
2012. ravnatelj Zavoda postao je Davorin Gajnik, dugogodišnji član HNS-a koji je doveden kako bi dokrajčio Imunološki i očito lobirao za Jadran Galenski laboratorij što potvrđuje i mail dostupan javnosti poslan vlasniku JGL-a, Usmianiju. Gubitak proizvodne dozvole 2013. odlično mu je poslužio kao opravdanje da proglasi stečaj iako je Zavod iz vlastitog poslovanja uspijevao redovno isplaćivati plaće svim zaposlenicima. Bio je to jeftini politički manevar kojim se pokušalo ugasiti proizvodnju, a radnike baciti na ulicu. Isključivo otporom tih istih radnika i zbog pri-tiska javnosti stečaj je poništen. To međutim nije riješilo problem. Od tada pa sve do danas na najpodlije moguće načine politika pokušava opstruirati poslovanje Zavoda dok istovremeno preko medija, po već viđenim obrascima, plasira informacije o tome kako je Zavod neprofitabilan, neorganiziran, zastarjele tehnologije itd. Paralelno s time, daleko od očiju javnosti, odvija se proces traženja, kako oni to nazivaju, “strateškog partnera” ili drugim riječima, nekoga kome će jeftino prodati ono najvrjednije što Imunološki zavod ima.
Ovaj kratki pregled propadanja domaćeg farmaceutskog diva koji se uvijek oslanjao samo na svoje znanje i svoju snagu samo je mali dio mreže spletki i interesa koji kalkuliraju sa Zavodom, a koje su dospjele u javnost zahvaljujući radnicima koji su sve ovo vrijeme pokazali da žele zaštititi tvrtku. Ova nebriga za Imunološki zavod i njegove radnike, međutim, nije posljedica puke nesposobnosti političke elite da se nosi s gospodarskim problemima. Imunološki zavod očita je žrtva interesa privatnog kapitala dok političari na vlasti igraju uloge njegovog agenta. On je žrtva tržišne politike koja je za interes kapitala spremna uništiti strateški interes ove zemlje.
