Povijest Imunološkog zavoda seže do daleke 1893. godine. Najprije je bio Kraljevski zemaljski zavod za proizvodnju animalnog cjepiva protiv boginja, a 1961. nastaje Imunološki zavod kakvog ga danas znamo. Još 1894. cijepljenje je bilo potpuno besplatno. Tada je izračunato da je jeftinije proizvoditi cjepivo umjesto uvoza ili otkupljivanja cjepiva od raznih privatnih proizvođača. 1930. godine i službeno se ukida uvoz cjepiva i antiseruma i Imunološki zavod postaje jedna od najvažnijih zdravstvenih institucija u zemlji. Lokacija sjedišta Imunološkog zavoda kroz godine se mijenjala ali Gundulićeva ulica u Zagrebu pamti se kao početna točka i kamen zamašnjak u proizvodnji cjepiva. Vrijedi spomenuti kako se u početku radilo u teškim uvjetima Balkanskog i 1. svjetskog rata, no u monografijama se može čitati o brojnim inovacijama i načinima kako se pokušavalo osuvremeniti cjepivo unatoč za današnje vrijeme nemogućim uvjetima.
Već 1931. godine bilo je preko milijun cjepiva za redovito cijepljenje. U razdoblju između dva rata posvećuje se posebna pažnja proizvodnji seruma, cjepiva i bioloških preparata jer se pretpostavljalo da bi moglo doći do uporabe bojnih otrova i bakteriološkog rata. Prije početka rata masovno se proizvodilo cjepivo protiv boginja, a nakon završetka 2. svjetskog rata svijet se suočava s pojavom novih bolesti. No, kraj rata u slučaju Imunološkog zavoda značio je i početak još masovnije proizvodnje. 1947. kreće se s cijepljenjem djece, a po prvi puta se počinje s masovnim preventivnim cijepljenjima.
Tadašnja ekonomska politika snažno je zagovarala jačanje zdravstva kao jedne od najbitnijih stavaka u razvoju društva. Svake godine se sve više ulagalo u Imunološki zavod i to je rezultiralo činjenicom da je Jugoslavija bila jedna od najrazvijenijih zemalja po pitanju zdravstvene zaštite. Tadašnja ekonomska politika snažno je zagovarala jačanje Imunološkog zavoda i 1956. godine učinjen je još jedan korak naprijed kada je osnovan Zavod za kontrolu i ispitivanje imunobioloških preparata. Tako u to vrijeme djeluju dva zavoda. Jedan proizvodi preparate, a drugi ih kontrolira. Koliki razvoj tih godina proživljava Imunološki zavod pokazuju i rezultati proizvodnje cjepiva. Seruma protiv tetanusa proizvedeno je 1956. godine nešto manje od 5000 litara što je 17 puta više od proizvodnje prije rata, dok je seruma protiv difterije 1956. proizvedeno 3440 litara, odnosno 11 puta više od vremena prije rata. Došlo je i do ekspanzije novih seruma i cjepiva. Imunološki zavod je bio i inovator, prvi u svijetu proučavali su nove supstrate za priređivanje virusnih vakcina, a u proizvodnji morbila, poslije SSSR-a i SAD-a, Jugoslavija je bila treća u svijetu.
To je tada bilo najsloženije cjepivo za proizvodnju. Osim samog liječenja, već tada se puno posvećivalo prevenciji. Vršena je edukacija kroz brojne tečajeve i seminare, a veliku ulogu u tome imao je i Crveni križ koji je blisko surađivao s Imunološkim zavodom. Zavod je organizirao i brojne međunarodne simpozije. Do 1969. čak njih deset. A koliki je značaj tada imao Imunološki zavod pokazuje i činjenica da su imali i svoj časopis. Počeo se tiskati 1963. godine, a ukupno je izdano 22 broja do 1979. godine. 1968. godine dva Zavoda su se ujedinila i tada nastaje suvremeni i jedinstveni Imunološki zavod. Što se tiče broja zaposlenih, razvojem Imunološkog, rastao je i broj zaposlenih. 1956. Zavod je imao 116 zaposlenih, 1973. 250, a krajem 1991. čak 412 zaposlenih. Imunološki zavod je bio i veliki izvoznik. Izvozili su cjepiva u 29 zemalja, čak i u Afriku. Poduzeće je u dužem razdoblju ostvarivalo pozitivne poslovne rezultate. No uništavanjem društvene imovine početkom devedesetih počinju veliki problemi za Imunološki.